熟悉气相色谱仪操作的人都知道，它对杂质非常敏感，所以在使用的每一个环节都要考虑到是否将污染杂质带入。当外来杂质进入仪器时，会出现两种异常现象：一是放射源表面污染，会降低放射源的电离能力，使直流电压和恒频模式ECD基本电流降低或恒流模式基本频率增加；二是杂质会直接俘获仪器中的电子，使基本电流降低或基本频率增加。这两种情况都会导致灵敏度的下降。因此，这是一个非常"干净"的仪器。在使用过程中，我们一定要时刻保持它的清洁。
气相色谱仪在长期使用后，进样衬里会有类似焦油的物质，这是由于样品中的不挥发成分造成的。此外，还会有颗粒状物质(隔板碎屑、样品中的固体物质)的堆积，会干扰正常的分析工作。因此，需要定期检查，及时清洗。需要注意的是，在内衬中填充硅化石英玻璃棉，不仅可以提高样品的汽化效率，还可以防止杂物进入色谱柱内，造成堵塞，因此，在色谱柱内填充硅化石英玻璃棉，不仅可以提高样品的汽化效率，还可以防止杂物进入色谱柱内，造成堵塞。
1.从色谱仪中小心翼翼地取出玻璃衬垫，用镊子或其他小工具小心翼翼地将玻璃棉和衬垫中的杂物取出，取出过程中不要划伤衬垫表面。
2.在条件允许的情况下，初步清洗过的色谱仪的玻璃衬板，可在有机溶剂中用超声波清洗，干燥后使用。也可直接用丙酮、甲苯等有机溶剂进行清洗。清洗后的色谱仪，可在干燥后使用。
3.在溶剂中对分光板进行超声波处理，干燥后使用。也可以选择合适的有机溶剂清洗。
4.分板从气相色谱仪的进样口取出后，应先用甲苯等惰性溶剂进行清洗，然后用甲醇等醇类溶剂进行清洗、干燥。
